Aurajoki alkaa Oripään harjualueelta ja virtaa Pöytyän, Auran, Liedon ja Kaarinan kautta Turkuun, missä se laskee Saaristomereen.

Aurajoella on tärkeä käytännön merkitys turkulaisille. Aurajokea käytetään nimittäin turkulaisten raakavesilähteenä. Paljon vettä kuluttaa teollisuus, asutuksen kanssa yhteensä noin 50 000 kuutiometrin vuorokausivauhtia. Veden laadusta huolehtiminen on arkisen elon kannalta tärkeää.

Aiemmin jätevesissä ryvettynyt joki on puhdistunut. Silti Aurajoki on edelleen rehevä. Muiden Saaristomereen laskevien jokien tavoin Aurajoki kuormittaa myös merialuetta.