Virtaus

Aurajoen virtausvaihtelut ovat suuria ja nopeita. Tämä johtuu vesistöalueen luonteesta: järviä ja virtaamia tasaavia muita altaita on vähän. Suurimmat altaat ovat runsaan neliökilometrin Savojärvi, Paattistenjokeen padottu Maarianallas sekä pääuomaan rakennettu Halisten allas.

Keväisin lumien sulettua ja syyssateiden aikaan virtaus on voimallisinta. Kesällä joki on kuivimmillaan.

Poikkeuksiakin on: sateisia kesiä ja leutoja talvia. Etenkin 1990-luvulta alkaen on leudoista talvista kärsitty Turun seudulla. Leuto talvi on myös veden laadun kannalta hankala, kun lumipeite vuoroin karttuu vuoroin sulaa. Sulamisvesien matkassa joutuu jokeen myös ravinteita, joiden kuorma leutojen talvien johdosta on joessa kasvanut.